Nació en San Pablo Guelatao, Oaxaca, en 1806. De extracción indígena, habló solamente zapoteco durante gran parte de su niñez. En la ciudad de Oaxaca vivió con su hermana Josefa, quien servía en la casa de don Antonio Maza. Estudió en el Seminario de Santa Cruz, único plantel de secundaria que existía en Oaxaca.
Posteriormente, Juárez estudió Derecho en el Instituto de Ciencias y Artes. Fue regidor del Ayuntamiento de Oaxaca en 1831 y diputado local en 1833. Durante algún tiempo vivió de su profesión defendiendo comunidades indígenas. Al ser derrocado de la presidencia el general Paredes Arrillaga, Juárez resultó electo diputado federal, y le correspondió aprobar el préstamo que Gómez Farías había solicitado a la Iglesia (1847) para financiar la guerra contra Estados Unidos de América.
Como gobernador de su estado natal (1847) procuró el equilibrio económico y ejecutó obras públicas: caminos, reconstrucción del Palacio de Gobierno, fundación de escuelas Normales; levantamiento de una carta geográfica y del plano de la ciudad de Oaxaca; reorganizó la Guardia Nacional y dejó excedentes en el tesoro.
Al volver Santa Anna al poder, muchos liberales, entre ellos Juárez, fueron desterrados. Juárez fue a Nueva Orleans, donde, sin descuidar su actividad política, desempeñó diversos oficios para ganarse la vida. Mientras tanto en México se proclamó el Plan de Ayutla que desconocía a Santa Anna como presidente.
Al caer Santa Anna y llegar Juan Alvarez a la presidencia, nombró a Juárez Ministro de Justicia e Instrucción Pública (1855). Desde este ministerio, expidió La Ley sobre Administración de Justicia y Orgánica de los Tribunales de la Nación, del Distrito y Territorios (Ley Juárez), con la que fueron abolidos los fueros, privilegios que tenían los militares y el clero por encima de otras personas. Nombrado gobernador de Oaxaca, convocó a elecciones; como resultado de ellas, fue reelecto.
Promulgó en su estado la Constitución de 1857. Se le nombró ministro de Gobernación (1857) y posteriormente fue elegido presidente de la Suprema Corte de Justicia, durante el gobierno del presidente Comonfort. Al desconocer Comonfort la Constitución de 1857, y dar un golpe de Estado, encarceló a diversos ciudadanos, entre ellos Juárez. Este acto de Comonfort desencadenó la Guerra de Reforma.
Al ser liberado (11 de enero de 1858) asumió la presidencia en Guanajuato por ministerio de ley. En julio de 1859, con apoyo del grupo liberal, expidió las Leyes de Reforma, que declaraban la independencia del Estado respecto de la Iglesia, la ley sobre matrimonio civil y sobre registro civil; la de panteones y cementerios, y el paso de los bienes de la Iglesia a la nación.
Al concluir la Guerra de Reforma con el triunfo de los liberales, fue electo consitucionalmente para continuar en la Presidencia (15 de junio de 1861). Debido a la intervención francesa, en mayo de 1863 tuvo que dejar la ciudad de México, ejerciendo su gobierno desde diferentes puntos del país. Regresó a la ciudad de México el 15 de julio de 1867, después de que Maximiliano fue juzgado y fusilado.
Por su defensa de las libertades humanas, defensa que sirvió de ejemplo a otros países latinoamericanos, fue proclamado "Benemérito de las Américas".
Al triunfo de la República, dijo en un célebre discurso: "Mexicanos: encaminemos ahora todos nuestros esfuerzos a obtener y a consolidar los beneficios de la paz. Bajo sus auspicios, será eficaz la protección de las leyes y de las autoridades para los derechos de todos los habitantes de la República. Que el pueblo y el gobierno respeten los derechos de todos. Entre los individuos, como entre las naciones, el respeto al derecho ajeno es la paz".
"Confiemos en que todos los mexicanos, aleccionados por la prolongada y dolorosa experiencia de las comunidades de la guerra, cooperaremos en el bienestar y la prosperidad de la nación que sólo pueden conseguirse con un inviolable respeto a las leyes, y con la obediencia a las autoridades elegidas por el pueblo".
En octubre de 1867 fue reelecto presidente de la República; se dedicó a organizar la situación económica del país, redujo el ejército, organizó una reforma educativa, ordenó sofocar los alzamientos militares y enfrentó la división de los liberales. Se mostró respetuoso ante la organización de los obreros y artesanos.
En 1871 fue reelecto por última vez como presidente. Murió el 18 de julio de 1872.
